1.菌肥可以減輕病害，改良土壤，因為菌肥是有益的。由于優(yōu)勢菌群的形成，病原菌很難侵入繁殖，菌肥也可以使有機質(zhì)不斷釋放植物生長所需的營養(yǎng)元素。增加土壤團粒結(jié)構(gòu)，使土壤變得疏松，避免板結(jié)，作物也能長的好。

2.提高作物的抗旱、抗倒伏能力。同時，它們可以提高農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量。

3.減少病害：施用菌肥后會形成優(yōu)勢菌群，然后可以減少病菌侵入和繁殖的機會，從而達到減少作物病害的目的。

4.土壤改良：菌肥可以通過微生物刺激 有機質(zhì)釋放養(yǎng)分活動中，有機質(zhì)能不斷釋放植物生長所需的養(yǎng)分，從而有利于達到肥效長久的目的，有機質(zhì)還可以改良土壤物理性狀，增加土壤團粒結(jié)構(gòu)使土壤疏松，減少土壤板結(jié)的概率。

5.提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)：施用菌肥后，農(nóng)產(chǎn)品中的維生素C和氨酸和糖份的含量會增加，使農(nóng)產(chǎn)品味道變好。