(1)有機肥含有大量有機質，具有改土培肥作用；化肥只能為作物提供無機養(yǎng)分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤“越來越貪饞”。

(2)有機肥含有多種養(yǎng)分，有機肥所含養(yǎng)分均衡；而化肥所含養(yǎng)分種類單一，長期施用容易導致土壤和食物中養(yǎng)分的不平衡。

(3)有機肥養(yǎng)分含量低，需要大量施用，而化肥養(yǎng)分含量高，施用量低。

(4)有機肥肥效時間長；化肥肥效期短而猛，容易造成養(yǎng)分流失和環(huán)境污染。

(5)在生產加工過程中，有機肥腐熟處理，能提高作物的抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農藥用量。長期施用化學肥料往往需要大量的化學農藥來維持作物生長，容易導致食物中有害物質的增加。

(6)有機肥含有大量有益微生物，能促進土壤中的生物轉化過程，有助于持續(xù)提高土壤肥力；長期施用化肥會壓制土壤微生物的活動，導致土壤自我調節(jié)能力下降。