生物有機肥的特點是既有傳統(tǒng)有機肥的功能，又含有大量有益的生物制劑。它兼具傳統(tǒng)有機肥和生物肥的特點。

它克服了有機肥的缺點，補充了生物肥單獨使用時營養(yǎng)不足的不足。同時使用有機肥和生物肥是一種互補的農(nóng)藝措施。傳統(tǒng)有機肥是自然發(fā)酵，沒有菌種。發(fā)酵微生物是自然環(huán)境中的各種微生物。生物有機肥是在一定的封閉環(huán)境中，非病原有益微生物的好氧發(fā)酵。發(fā)酵過程達(dá)到60℃以上，消滅病原微生物、雜草種子和蟲卵。

因此，腐熟的有機肥沒有影響農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的負(fù)面因素。一些企業(yè)為了提高生物菌肥的針對性，在腐熟的有機肥中添加純凈的、有針對性的有益微生物，或者通過二次發(fā)酵增加有益微生物的含量，提高微生物菌劑的增效作用。

大量使用傳統(tǒng)農(nóng)家肥的農(nóng)戶都有一個體會，就是傳統(tǒng)有機肥用得越多，病蟲害越多，農(nóng)藥除草劑用得越多，成本越來越高。傳統(tǒng)有機肥為了提高腐熟度，延長腐熟時間，有機質(zhì)進(jìn)入?yún)捬醢l(fā)酵，產(chǎn)生大量臭味，會失去有機肥的肥力。如果發(fā)酵時間縮短，成熟度不夠，會增加病蟲害和雜草的危害，影響植物的養(yǎng)分吸收，有時會出現(xiàn)燒根燒苗的現(xiàn)象。生物有機肥可以解決這些傳統(tǒng)有機肥的缺陷。生物有機肥的優(yōu)點是無異味，不會誘發(fā)病蟲害。

由于缺乏有機營養(yǎng)物質(zhì)，無機質(zhì)載體生物制劑中活菌含量只會隨著時間的延長和無機載體滲透壓的變化而降低。有機肥作為載體的存在，會對生物菌劑產(chǎn)生倍數(shù)效應(yīng)。生物有機肥兼有生物肥和有機肥的優(yōu)點，是比傳統(tǒng)農(nóng)家肥較好的肥料。