目前菌肥使用的菌種一般屬于中溫性微生物。土壤溫度在25-37時(shí)，有利于菌的生長(zhǎng)繁殖。一旦土壤溫度超過(guò)37℃，菌的生長(zhǎng)就會(huì)明顯減緩甚至停滯，菌肥的效果也會(huì)受到影響。然而，生長(zhǎng)停滯并不意味著細(xì)菌的消滅。當(dāng)溫度正?；謴?fù)，土壤濕度在50%左右，菌就會(huì)恢復(fù)生長(zhǎng)繁殖功能。如果在高溫地區(qū)施用菌肥，建議企業(yè)通過(guò)分離、篩選出耐高溫能力更高的菌株，以保證菌肥的效果。

此外，強(qiáng)降雨也會(huì)降低菌肥的效果。微生物肥料中的菌大部分是好氧菌，需要有氧呼吸。如果土壤積水太久，會(huì)影響菌肥的效果，所以積水要及時(shí)排干。另外，水太多會(huì)使細(xì)菌懸浮在水中被沖走，從而影響菌肥的效果。

除了適宜的土壤溫度和濕度外，土壤中的有機(jī)質(zhì)含量和含氮量也會(huì)影響菌肥的效果。菌分解有機(jī)物時(shí)，需要合成蛋白質(zhì)，這就需要部分量的氮。因此，土壤須含有足夠的有機(jī)質(zhì)和氮肥。如果田間養(yǎng)分含量不足，可能會(huì)造成部分程度的除肥。

再者，微生物肥料的選擇須以作物為基礎(chǔ)。例如，對(duì)于大田作物，如水稻、玉米、小麥等。建議選用復(fù)合微生物肥料。由于復(fù)合微生物肥料中既含有菌，又含有氮、磷、鉀和有機(jī)質(zhì)，使用起來(lái)更加方便。在單獨(dú)施用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可配合使用微生物菌劑，促進(jìn)生長(zhǎng)、抗病蟲(chóng)等。對(duì)于果蔬，建議使用生物有機(jī)肥，改良果蔬的口感和品質(zhì)。

施用有機(jī)菌肥的關(guān)鍵是在土壤中不斷培養(yǎng)微生物。當(dāng)土壤中有足夠的有機(jī)質(zhì)或腐殖質(zhì)時(shí)，可以被微生物菌利用，使土壤微生物繁殖。

實(shí)施果園生草制。當(dāng)草長(zhǎng)到15厘米到20厘米以內(nèi)時(shí)，每年重復(fù)覆土一次，兩年翻一次全園，提高果園腐殖質(zhì)含量。

牛、豬、羊、兔等家畜家禽的發(fā)酵糞便。為有機(jī)菌肥中的菌種發(fā)酵繁殖提供充足的基質(zhì)。能為果樹(shù)生長(zhǎng)提供中微量元素，減少小葉、黃葉等生理病害的發(fā)生。土壤中微生物的作用主要是產(chǎn)生各種酶，分解各種養(yǎng)分，產(chǎn)生各種酸和二氧化碳，為農(nóng)作物提供更多的養(yǎng)分。為了微生物細(xì)菌的生存和繁殖，土壤中須有足夠的有機(jī)質(zhì)。