微生物肥料產(chǎn)品中的菌種不是越多越好。造成這種情況的主要原因是產(chǎn)品中的各種微生物都需要生存和功能互補?；旌虾?，各菌株應(yīng)能保持較高的存活力，且不存在相互拮抗。施入土壤后，可從土壤中分離出一定數(shù)量的與微生物肥料生產(chǎn)中相同的菌株。

其次，每個微生物肥料產(chǎn)品中的菌株的功能應(yīng)該是互補的。將不同功能的菌株組合成一個產(chǎn)品，實現(xiàn)產(chǎn)品功能的多樣化和應(yīng)用效果的穩(wěn)定性。一般同一產(chǎn)品大概有三種菌種。含有太多菌種的微生物肥料被應(yīng)用于農(nóng)田。由于土壤生態(tài)環(huán)境中諸多因素的影響，往往存活下來的有效菌是有限的。同時，同一產(chǎn)品的菌種太多，對生產(chǎn)廠家來說不劃算。

含有過多菌種的微生物菌劑施入農(nóng)田后，能存活并繼續(xù)繁殖的菌株不等于原始菌株。施肥的土壤環(huán)境多樣，同一菌肥中存在功能大致相同的不同菌株，會表現(xiàn)出不同的存活率。