在農(nóng)作物種植和城市綠化過(guò)程中，由于化肥連年使用、土壤板結(jié)，肥料受損，損害了農(nóng)作物的質(zhì)量，破壞了生態(tài)平衡。而且化肥在制造、儲(chǔ)存、運(yùn)輸過(guò)程中，不斷污染環(huán)境，破壞生態(tài)平衡，造成相當(dāng)嚴(yán)重的危害。化肥被列為農(nóng)業(yè)的三大污染源之一。作為化肥生產(chǎn)原料和能源，石油資源是有限的，依靠有限的資源難以維持農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。

當(dāng)人們抱怨東西吃起來(lái)沒(méi)味道，農(nóng)民抱怨土地越來(lái)越?jīng)]有肥力的時(shí)候，才發(fā)現(xiàn)化肥的不足之處和農(nóng)藥帶來(lái)的危害，這才對(duì)微生物肥料有了更加深刻的認(rèn)識(shí)：

微生物肥料其作用主要依靠大量有益微生物的生命活動(dòng)。只有當(dāng)這些有益微生物處于旺盛的繁殖和代謝時(shí)，物質(zhì)轉(zhuǎn)化和有益代謝產(chǎn)物才能不斷形成。因此，微生物肥料中的微生物種類和生命活動(dòng)是否旺盛是其有效性的基礎(chǔ)，而不像其他肥料是基于氮、磷、鉀等為主要元素的形態(tài)。由于微生物肥料是一種活制劑，其肥效與活菌的數(shù)量、強(qiáng)度和周?chē)沫h(huán)境條件密切相關(guān)，包括溫度、水分、營(yíng)養(yǎng)條件、土壤中原生活在土壤中的微生物的排除作用都有一定影響。忽視這些因素，或者把有機(jī)肥當(dāng)微生物肥料賣(mài)，是對(duì)微生物肥料認(rèn)識(shí)不足的原因。