生物菌肥其特殊的成分決定了它須具備特定的使用條件。土壤環(huán)境條件會(huì)影響菌肥的使用效果，如溫度、光照、土壤水分、pH值和使用方法等。所以使用時(shí)需要考慮這些方面。

控制地溫，一般菌肥中的生物菌在土壤溫度為18-25℃時(shí)活躍度高，15℃以下活性開(kāi)始下降，10℃以下活性能力較弱，甚至處于休眠狀態(tài)。因此，冬季大棚蔬菜施用菌肥后，控制地溫非常重要。在冬天，如果想保持更高的地溫，首先要控制溫室內(nèi)的溫度，促使地溫上升。一般白天棚內(nèi)溫度要保持在25-30℃，晚上棚內(nèi)溫度低。為了避免地溫?fù)p失，保持地溫恒定，除了地膜覆蓋外，在作業(yè)區(qū)內(nèi)覆蓋作物秸稈也是一個(gè)很好的方法。

控制好土壤的濕度，土壤含水量不足不利于生物菌的生長(zhǎng)繁殖，但土壤澆水過(guò)多，透氣性差，含氧量低，也不利于生物細(xì)菌的存活。所以，除了控制地溫，合理澆水也很重要。一般來(lái)說(shuō)，澆水應(yīng)該在晴天上午進(jìn)行，因?yàn)檫@段時(shí)間澆水有利于地溫的恢復(fù)和棚內(nèi)水分的排除。澆水時(shí)注意澆小水，不要大睡漫灌。如果蔬菜苗期地膜覆蓋前澆水，應(yīng)及時(shí)鋤地，增加土壤的透氣性，促進(jìn)生物菌的生命活動(dòng)。

注意泓通有機(jī)肥的施用，生物菌的作用是在土壤有機(jī)質(zhì)豐富的前提下才能發(fā)揮出來(lái)。如果土壤中有機(jī)肥的施用量不足，生物菌會(huì)因?yàn)槿鄙偈澄锒?。如果土壤中的有機(jī)質(zhì)供應(yīng)充足，生物菌肥中的益生菌會(huì)大量繁殖，從而增加控制有害細(xì)菌。所以在種植蔬菜之前，要注意施足有機(jī)肥。

方法宜采用菌肥作基肥、畦施、溝施或穴施；也可用作追肥，穴施生物菌肥效果較好，生物菌能在蔬菜根系周圍迅速形成強(qiáng)大的菌群，保護(hù)根系。

不宜同時(shí)使用多種生物菌肥。使用生物菌肥時(shí)，建議使用一種，不宜同時(shí)使用多種含有不同有益菌的生物菌肥。

不同種類的生物菌不宜頻繁更換，因?yàn)樯锞市枰罅康挠幸嫖⑸锊拍馨l(fā)揮其作用。不同的菌肥產(chǎn)品所含的主要有益菌種不同。要注意不斷添加新的菌肥。比如基肥用完后，同樣的生物菌肥可以追多次，擴(kuò)大菌群。特別要注意的是，生物菌肥施用后不能使用殺菌劑。因?yàn)橥寥乐惺褂玫臍⒕鷦┛梢韵麥缟锞械挠幸婢?，所以殺菌劑不能與生物菌同時(shí)使用。